In Halo Wars bekämpfen sich die zwei Großmächte UNSC und Allianz. In der Kampagne spielt man nur die UNSC, aber im Mehrspielermodus, kann auch die Allianz ausgewählt werden. Ausserdem gibt es Anzeichen dafür, das auch die Flood spielbar sein wird. Ob das allerdings im fertigen Spiel so sein wird ist noch nicht bekannt.

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UNSC (United Nations Space Command)

Das United Nations Space Command (UNSC) ist der millitärische Arm der Vereinten Nationen (Kolonialadministration) im Halo-Universum. Mehrere Militärstrukturen sind ihm untergeordnet. Zum Beispiel die United Nations Space Command Defense Force (UNSCDF). Diese ist mit der Planetenverteidigung beauftragt. Weltraumstationen im planetaren Orbit wie die Cairo Station sind ein Teil der UNSCDF. Es gibt einige abgespaltene Parteien, die der Kolonialleitung und dem UNSC feindlich gegenüberstehen, z.B. die United Rebel Front. Zurzeitiger Anführer der UNSC ist Fleet Admiral Lord Teerence Hood.

Die Allianz

Die Allianz wurde aus verschiedenen außerirdischen Rassen gegründet. Seit dem kämpfen alle nur für eine Sache "Die große Reise". Ursprünglich waren sie nur eine kleine Ansammlung von "Client"-Spezies und wurden durch gemeinsame Bedürfnisse und sich einander ergänzende Fähigkeiten und Technologien zusammengehalten. Dieses soziale Modell war überaus erfolgreich und so begannen ihr Reich, Technologie, Kultur und ihr Glauben zu einer einzigen hegemonistischen Kultur zusammenzuwachsen. Zu einer Kultur mit einem eindeutigen Kastenwesen.
Der Name "Covenant" hatte seinen Ursprung in dem alten Pakt zwischen, den Prophets, und den Elites.